chaikaでスレッド検索すると「検索に失敗しました」となる件。

専用アップローダー http://bbs2ch.sourceforge.jp/uploader/upload.php から、767.zipをダウンロードしてpatchを当てれば良い。

パッチを当て方がわからない人のためにパッチ適用済みのファイルを用意しておく。
chaika 1.6.3に767を当てた後のpage.jsとpage.xulはこちら chaika_1_6_3+767.zip
（MD5 chaika_1_6_3+767.zip: 1A DA 15 5F C3 F3 DD C1 D5 58 F8 B6 3A B1 4F 64）

使い方：
C:\Documents and Settings\xxx\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\xxx.default\extensions\chaika@chaika.xrea.jp\chrome\content\chaika\bbsmenu の下のpage.jsとpage.xulを差し替える。
Firefoxを再起動。
chaikaを立ち上げ、検索ウィンドウの下三角をクリックし、適当な検索サイトを選択。

【追記】
chaika Ver.1.7.0を使えばデフォルトのままで検索OK。
ただし、search.2ch.netはだめで、ff2ch.syoboi.jpを使う必要があるようだ。

Firefoxのツールメニュー ⇒ アドオン ⇒ 拡張機能タブ ⇒ chaika 1.7.0の「設定」 ⇒ 板一覧タブを選んで、デフォルト検索エンジンをff2ch.syoboi.jpにしておくとさらに幸せになれるかもしれない。